《星际之门：亚特兰蒂斯》第三季于2006年回归，继续讲述远征队在遥远飞马星系的生死存亡之旅。本季中，约翰·谢帕德少校及其团队在深陷重围的亚特兰蒂斯城中，面临来自幽灵族日益加剧的威胁以及内部资源的极度匮乏。与此同时，他们意外发现了一艘属于古人族的远古战舰“希望号”，这为对抗幽灵提供了新的转机，却也引来了更强大的敌人。随着与幽灵的战争全面升级，团队必须深入幽灵领地执行高风险任务，并探索古人遗留的奥秘以寻找终极武器。本季剧情在探索与求生中层层推进，远征队成员间的羁绊与牺牲精神面临终极考验，将星际冒险与人性抉择推向新的高潮。
