《异形庇护所第二季》于2009年回归，继续讲述海伦ⷀ马格纳斯博士与她的团队在全球范围内追踪并保护超自然生物的秘密行动。本季中，庇护所网络面临前所未有的内部威胁与外部挑战，团队核心成员威尔ⷀ齐默曼博士进一步探索自身血脉中隐藏的古老秘密。随着一种能引发全球性危机的全新异形生物出现，海伦的过往被层层揭开，她与亚当之间的世纪恩怨成为影响人类存亡的关键。剧情深入探讨了科学、伦理与超自然力量的边界，团队在伦敦总部与世界各地穿梭，在拯救世界的同时，也在追问一个根本问题：人类与这些“异常”生物，究竟谁才更需要庇护？
